Шаргин был отобран целевым набором, будучи майором ВКС (воздушно-космические силы) в 1996 г. В 1997 г ВКС слились с РВСН (Ракетные войска стратегического назначения) и Шаргин стал ракетчиком. В 1998 г. он был переведён в ВВС и зачислен в отряд космонавтов РГНИИ ЦПК. 28.12.01 Шаргин переведён вновь в ВКС, которые к этому времени вновь были созданы.